Названа церковь в честь праздника Явления Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, иначе именуемого Крещением Господним, который отмечается 19 января. Богоявлением этот праздник называется потому, что во время крещения Иисуса в реках реки Иордан явился Бог-Отец и назвал Спасителя своим сыном. Традиционно в России Крещение сопровождается крестным ходом после праздничной литургии, который отправляется на реки или другие водоемы для освящения воды.
Во времена основания Богоявленского храма Воронеж представлял собой крепость на реке и несколько поселений – слобод – недалеко от крепости. Так вот церковь Богоявления Господня была выстроена в Пушкарской слободе, что была расположена к северо-востоку от укрепленной крепости. Деревянную церковь построили и освятили в 1647 году. Частые пожары, которые уничтожали целые поселки в ту пору, вынудили пушкарцев начать возведение каменного храма. Так, в 1773 году началось строительство каменной трапезной с престолом во имя Сергия Радонежского. Постепенно возводилась и сама церковь уже из камня.
4 мая 1841 года в церкви был освящен придел в память святой мученицы Пелагии. На обустройство этого придела были выделены средства купцом М. М. Клочковым, супругу которого звали Пелагия, и придел освящался в честь ее ангела. Интересно, что этот придел имел одну особенность, которой не было ни в одном воронежском храме. Дело в том, что рядом с иконостасом находилось деревянное резное изображение Иисуса Христа в терновом венце, томящегося в темнице, и перед этим образом каждую пятницу читался акафист страстям Господним. Некоторые исследователи отмечают, что эта деревянная статуя не отличалась искусностью исполнения, но и такая нехарактерна для православных храмов, а в воронежских она была единственной.
В 1854 года городской архитектор М. И. Клейнер по заказу Воронежской епархии разработал проект перестройки Богоявленской церкви. По этому проекту предполагалось, что существующее здание должно быть сломано, поскольку в его сводах и стенах обнаружились трещины, а вновь отстроенная церковь будет больше «на 5 аршин противу нынешние размеров», с левой стороны колокольни будет сделана пристройка. Пройдя утверждение в Петербурге, скорее всего, этот план был реализован, хотя документальное тому подтверждение не сохранилось. И после этих капитальных изменений до революции церковь не перестраивали.
Как и многие другие воронежские церкви, Богоявленский храм закрыли в начале 1930-х годов. Уже к 1948 году здание церкви находилось во владении городского промышленного комбината. Затем церковь хотели приспособить под фильмохранилище, но эта задумка не реализовалась, и в церкви до конца 1980-х годов находился швейный цех того же промкомбината.
В наше время здание Богоявленской церкви возвращено епархии, приписан храм к Покровскому собору. Сегодня церковь представляет собой довольно грустное зрелище: трехъярусная невысокая колокольня без шпиля, почти приникла к земле храмовая часть без купола, в трапезной зияют дыры от демонтированной вентиляции. Почти осыпалась штукатурка, и обветшала кирпичная кладка. Хочется верить, что Богоявленская церковь еще будет призывать своих прихожан — жителей бывшей Пушкарской слободы – своим колокольным звоном на службу.
